芥川城は正確な築城年代は定かになっていないが、芥川氏が鎌倉時代に築城した説が有力である。
芥川氏は平安時代に芥川宿を本拠としており、鎌倉時代には幕府の御家人となりこの城を築城したと思われる。
その後も芥川氏は勢力を広げ南北朝時代にはかなりの勢力となっていた。
だが応仁の乱で大内氏の軍門に降ると細川政元がこの地で勢力を広げ芥川城の再建を行った。
永正十二年頃に芥川山城が築城されると芥川城は廃城となったと思われるが廃城年も定かでは無い。

現在の芥川城址には残念ながら何も遺構は残っていない。
高槻市殿町の民家脇に石碑が残っているのみである。